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Deux voies de formation existent au niveau du degré secondaire II, à savoir la formation duale et la formation générale.
Formation duale
Dans le canton du Jura, plus de 1’200 entreprises, de toutes tailles, forment des apprentis. Des écoles à plein temps (École de commerce, École des métiers techniques, École des métiers de la santé et du social) forment aussi des jeunes en apprentissage. A l’issue de la formation, le Certificat fédéral de capacité (CFC) obtenu permet d’entrer dans le monde du travail. Il est possible aussi de poursuivre sa formation durant une année et décrocher ainsi une maturité professionnelle qui ouvre les portes des Hautes Écoles Spécialisées (HES) sans examen préalable.
Formation générale
Le Lycée cantonal (appelé aussi gymnase), et l’École de culture générale font partie des filières de formation générale du secondaire II qui préparent aux Hautes Écoles (degré tertiaire).
Degré tertiaire
Le degré tertiaire, qui suit le degré secondaire II, comprend les études dans les Hautes Écoles (hautes écoles spécialisées HES, pédagogiques HEP, universitaires HEU et écoles polytechniques fédérales EPF) et les formations professionnelles supérieures (écoles supérieures ES, brevets et diplômes fédéraux).
Dans le canton du Jura, les formations tertiaires suivantes sont proposées:
Haute École Arc, division santé, Delémont
Haute École Arc, campus StrateJ, Delémont
Campus Avenir 33, Delémont
École jurassienne du bois, Delémont